Операции с разделами для элемента в Битриксе

Если элемент привязан к нескольким разделам, то получаем список разделов с помощью функции CIBlockElement::GetElementGroups:

Для добавления и изменения списка разделов отвечает параметр IBLOCK_SECTION. Этот параметр принимает массив id разделов (даже если раздел один):